一般所稱「乳酸菌」是指能利用碳水化合物進行發酵生產多量乳酸之細菌總稱，為一相當龐雜的菌群，近年來經由科技及分子生物學的不斷發展，目前普遍認為的乳酸菌已由早期的四個屬,再細分及擴充為17個屬273個種：

一 .乳酸桿菌屬
嗜酸乳桿菌
簡稱A菌。主要定居在小腸，是小腸內數量最多的細菌，在陰道壁、子宮頸和尿道都有它的蹤跡。能降低膽固醇、免疫調節及降低念珠菌屬陰道炎的感染等。

短乳桿菌
人嘴、老鼠尾巴及腸道可發現其存在，亦存在牛奶與起司中。能抑制腸道致病菌、維持消化道機能、促進食慾及免疫調節。

乾酪乳桿菌
簡稱C菌。相當耐酸，能有效地通過胃酸膽鹼的考驗，而有規模的進入腸道定殖。

保加利亞乳桿菌
是德式乳酸桿菌的一個亞種，被廣泛應用在酸奶製作的過程中。具有調節胃腸道健康、促進消化吸收、增加免疫功能及抗癌抗腫瘤等功效。

約氏乳桿菌
簡稱LJ菌。

副乾酪乳桿菌
簡稱LP菌。耐胃酸及膽鹽，在腸道中定殖效果良好。能促進體內Th1細胞激素分泌，抑制Th2細胞所造成的敏感免疫反應，達到免疫系統平衡。對於過敏性鼻炎、過敏性結膜炎、過敏性氣喘及異位性皮膚炎等過敏症狀有良好的療效。

洛德乳桿菌
簡稱R菌。是少數在成人與嬰兒體內皆可發現到的乳酸菌之一，可幫助寶寶腸道細胞的生長，促進益菌繁殖。

鼠李糖乳桿菌
能夠有效提高人體免疫T細胞的活性，提高人體對抗外來微生物、癌細胞的能力。

LGG菌
是當前世界上研究最多的益生菌，也是首批被證實能夠在人體腸道存活並定殖的益生菌之一。可在血清中增加足夠的細胞間白素-10，降低引起局部性敏感免疫反應的細胞激素形成。能促進益菌生長、降低對乳品或食物的過敏、治療不明原因或急性腹瀉功能等。

唾液乳桿菌

二. 雙歧桿菌屬
比菲德氏菌
簡稱B菌。幫助保持腸道酸性的環境，減少有害菌的繁殖；還能增強免疫力，降低膽固醇，改善便秘及調節腸道生理機能。

嬰兒型比菲德氏菌
因為是被發現在嬰兒的腸道之中，故被稱為嬰兒型比菲德氏菌。能減緩人體免疫系統過度反應所導致的發炎性傷害。

雷特氏B菌
從健康嬰兒的糞便中分離獲得，是人體腸道最常見的菌群之一。耐胃酸及膽鹽，並在腸道中定殖，達到增加體內好菌的效果。可緩解胃炎及改善乳糖不耐症。

長雙歧桿菌
腸道內的益菌以長雙歧桿菌為主，也是真正的人體原生菌種。能有效調節Th2細胞免疫反應，降低過敏患者血中IgE含量，進而有效的改善因為花粉引起的過敏症狀，也能改善抗生素及食物病原菌造成的腹瀉。

三. 鏈球菌屬
嗜熱鏈球菌
常用於製作酸奶。對胃酸及膽鹽的耐受性強。可幫助乳糖的消化、增強腸道屏障。

四. 糞鏈球菌。
乳鏈球菌。
乳脂鏈球菌。
雙醋酸乳鏈球菌。

五. 腸球菌屬
腸球菌
糞腸球菌
屎腸球菌

六. 酵母菌屬
布拉酵母菌